Đề xuất tiến hóa các chương trình đầu tiên trong lịch sử có lẽ là của Alan Turing vào năm 1950.[1] Phải tới 25 năm sau, sự xuất bản cuốn sách "Sự thích nghi trong các hệ thống tự nhiên và nhân tạo" của John Holland mới đặt ra những nền móng lý thuyết và thực nghiệm của ngành khoa học này. Năm 1981, Richard Forsyth đã chứng minh sự tiến hóa thành công của các chương trình nhỏ, được biểu diễn dưới dạng cây, để thực hiện phân loại bằng chứng hiện trường vụ án cho Bộ Nội vụ Vương quốc Anh.[2]

Mặc dù ý tưởng về các chương trình tự tiến hóa, ban đầu được viết bằng ngôn ngữ máy tính Lisp, đã nảy ra giữa các sinh viên của John Holland,[3] phải đến khi họ tổ chức hội nghị Giải thuật di truyền (GA) đầu tiên ở Pittsburgh, Nichael Cramer [4] mới công bố các chương trình tiến hóa trong hai ngôn ngữ được thiết kế đặc biệt, bao gồm phát biểu đầu tiên của lập trình di truyền "dựa trên cây" hiện đại (nghĩa là các ngôn ngữ thủ tục được tổ chức theo cấu trúc cây và được vận hành bởi các toán tử GA được định nghĩa phù hợp). Năm 1988, John Koza (cũng là một nghiên cứu sinh của John Holland) đã được cấp bằng sáng chế cho phát minh GA cho sự tiến hóa chương trình.[5] Tiếp theo là công bố trong Hội nghị chung quốc tế về trí tuệ nhân tạo IJCAI-89.[6]

Koza tiếp nối điều này với 205 ấn phẩm về "Lập trình di truyền" (GP), tên được đặt ra bởi David Goldberg, cũng là một nghiên cứu sinh của John Holland.[7] Tuy nhiên, chính loạt 4 cuốn sách của Koza, bắt đầu từ năm 1992 [8] với các video đi kèm,[9] mới thực sự thành lập GP. Sau đó, đã có sự tăng lên đáng kể về số lượng xuất bản với thư mục Lập trình di truyền, vượt quá ngưỡng 10,000 mục.[10] Năm 2010, Koza [11] liệt kê 77 kết quả trong đó lập trình di truyền có khả năng cạnh tranh với con người.

Năm 1996, Koza bắt đầu hội nghị Lập trình di truyền hàng năm[12], sau đó là hội nghị EuroGP hàng năm vào năm 1998,[13] và cuốn sách đầu tiên[14] trong loạt bài GP do Koza biên tập. Năm 1998 cũng chứng kiến sách giáo khoa GP đầu tiên.[15] GP tiếp tục phát triển mạnh mẽ, dẫn đến việc xuất bản tạp chí GP chuyên khoa đầu tiên [16] và ba năm sau (2003) Hội thảo thường niên về lý thuyết và thực hành lập trình di truyền (GPTP) được thành lập bởi Rick Riolo.[17][18] Các bài báo về Lập trình di truyền tiếp tục được xuất bản tại nhiều hội nghị và tạp chí liên quan. Ngày nay có mười chín cuốn sách GP trong đó có một số cuốn dành cho học sinh.